早上起来咳痰深褐色可能是由于呼吸道感染、肺部疾病或血液疾病等原因引起的。建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1.呼吸道感染：感冒、支气管炎等可能导致痰液颜色变化。治疗时可使用盐酸氨溴索、罗红霉素、头孢克肟等药物，但应在医生指导下用药。
2.肺部疾病：如肺炎、肺结核等肺部疾病也可能导致咳痰颜色异常。治疗需针对具体疾病，可能使用的药物包括异烟肼、利福平、吡嗪酰胺等，同样需遵医嘱。
3.血液疾病：某些血液疾病如肺出血或凝血功能障碍也可能导致痰液呈现深褐色。治疗这类疾病通常需要血液科医生的专业指导，可能涉及输血、抗凝治疗等。
除以上原因外，还可能与环境污染、吸烟等因素有关。日常生活中应注意呼吸道卫生，避免接触有害物质，并定期进行健康检查。如症状持续，应及时就医。