木瓜种子在适当处理后可以食用，但通常不是日常饮食中常见的部分。木瓜种子含有一些生物活性化合物，如木瓜蛋白酶，这种酶在食品工业中用于肉类的嫩化，但在食用前需要经过一定的处理以减少可能的毒性。
木瓜种子的食用需要谨慎，因为它们含有一些可能对人体有害的化合物。例如，木瓜种子含有木瓜碱，这是一种生物碱，如果摄入过量可能会引起不适。在一些传统医学中，木瓜种子被用于治疗寄生虫感染，但必须在医生的指导下使用。此外，木瓜种子中的其他化合物，如木瓜素和木瓜苷，也需在专业指导下使用，以避免潜在的健康风险。
在考虑食用木瓜种子时，应确保种子已经经过适当的处理，并且遵循正确的食用方法。如果有任何疑问，最好咨询医疗专业人士的意见，以确保安全和健康。